香港中文大学YuJunと他のチームは、1058の新しいヒト腸内DNAウイルスを発見しました
2022年6月6日、香港中国大学のYu Junのチームは、 Gastroenterology （IF = 23）に「1,058個の小説を発見」というタイトルでオンラインで公開しました。超深層PacBioシーケンシング（>10μg）およびイルミナシーケンシング（>1μg）に十分なウイルスdnaをヒトの糞便から抽出した、深く長い間読まれている第3世代seおよびその臨床的影響によるヒト腸内DNAウイルス " 。 抽出されたウイルスDNAの平均量は、以前のプロトコルと比較して14倍に増加しました。この研究で得られたPacBioのロングリードとイルミナのショートリードの長さは、以前の研究よりも290倍高かった。
この研究では、1,178コンティグが完全なウイルスゲノムとして組み立てられ、検証されました。そのうち 1,058が新たに発見されました。 13のウイルスゲノム（398-839kb）が見つかりました。これは、ヒトで見つかった最大のバクテリオファージ（393kb）よりも長いものです。 溶菌ウイルス（全体の75.9％±12.2％）は、主にこの研究のサンプルに存在していました。 14の新規ウイルスのバイオマーカーパネルは、トレーニングコホートでAUC 0.87のコントロールからCRC患者を区別し、2つの独立したコホートでAUC0.85と0.73で検証されました。全体として、この研究は1,058の新規ヒトエンテロウイルスを特定しました。 これらの調査結果は、臨床診断、現在のウイルスリファレンスゲノム、および将来のウイルス叢研究に貢献します。
エンテロウイルスは、腸の全体的な構成を形作る役割で知られています微生物叢と人間の健康を維持する上でのその役割はますます認識されています。 エンテロビロームの変化は結腸直腸癌（CRC）に関係しているが、以前の研究は主に培養ベースのゲノムデータベースに依存していたため、その組成と機能の研究は妨げられてきた。共生ウイルスを培養するために、このデータベースは限られた数のウイルスのみをカバーしています。
<強力>メタゲノムシーケンシングの最近の進歩により、ヒトウイルス叢の特徴を解読する上で画期的な進歩がもたらされました。
ただし、いくつかの要因により、ウイルス叢研究におけるこの手法の適用が制限されます。たとえば、ヒトサンプルから分離されたウイルスDNAの量は、シーケンシングには不十分なことがよくあります。この問題に対処するために、ほとんどの研究では、抽出されたウイルスDNAをポリメラーゼ連鎖反応（PCR）および/またはシーケンス前の複数置換増幅によって増幅します。これにより、増幅バイアス、キメラ読み取り、ランダム変異が発生する可能性があります。
記事のパターン図（胃腸病学からの画像）
< p id = "0UDHEA7T">最近の証拠は、PCRライブラリーの調製により少量のウイルス分類群が失われることを示唆しています。 これらの少量のウイルス分類群は、PCRを使用しないライブラリー調製によって保持でき、エンテロウイルスの「まれな」メンバーを研究するための増幅を使用しない方法の使用を強化します。ほとんどの研究が低深度のメタゲノム読み取りを分析していることを考えると、現在、高品質のアセンブルされたウイルスゲノムが不足しており、サンプル中の少量のウイルスを特定することができません。さらに、短い読み取りを生成するイルミナのシーケンスとそれに関連するアセンブリプログラム（メガヒット、metaSPAdeなど）が頻繁に使用されます。 ただし、ウイルスゲノムには超可変配列と反復領域が含まれているため、短い読み取りではウイルスゲノムを正確に組み立てるには不十分です。この研究では、エンテロウイルスの完全な特性を解読するために、研究者は人間の糞便粒子（VLP）DNAから十分に高い純度と品質のウイルスサンプルを分離しました。 抽出されたDNAは、超深度PacBio High Fidelity（HiFi）およびイルミナシーケンスによって評価されました。研究者らは、この研究で新たに同定された1,058のウイルスゲノムを集めました。これは、2,819のヒト糞便サンプルの3つの独立したコホートで観察されました。さらに、この研究からの 14の新規ウイルスは、独立したコホートでのパフォーマンスによって示されるように、CRC診断のバイオマーカーとして使用できます。
この記事の出典：iNature
- 記事リンク : https://jp.sdqirong.com/article/xianggangzhongwendaxueyujundengtuanduifaxian1058zhongxinxingrenleichangdaoDNAbingdu_88678.html
- 記事のタイトル : 香港中文大学YuJunと他のチームは、1058の新しいヒト腸内DNAウイルスを発見しました
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香港中文大学YuJunと他のチームは、1058の新しいヒト腸内DNAウイルスを発見しました
2022年6月6日、香港中文大学のYu Junのチームによって、「深く長い間読まれた第3世代シーケンシングとその臨床的影響を通じて1,058の新規ヒト腸内DNAウイルスを発見する」というタイトルの研究論文が消化器内科でオンラインで公開されました。ウイルスDNAはから抽出されました
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彼の人生の前半では、彼は卑劣であり、彼の人生の後半では、彼は6カ国からの科学者に公然と挑戦しました。
1998年5月、CraigVenterによって設立されたCeleraGenomeは、6か国の科学者に公然と挑戦しました。3年以内にヒトゲノムの配列プロジェクトを完了することです。過去8年間で、6か国の科学者はゲノムの3％しか決定していません。当初、誰もがベンターの発言に反対しましたが、1年以内にベンターが率いるチームは次々と大きな進歩を遂げました。国際ヒトゲノムプロジェクトの科学者はそれに注意を払う必要があります。予定より2年早く完了しました。この期間中、彼は人間の寿命の問題にエネルギーを集中し、予防のためのリスク遺伝子の研究に専念しました
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3つの部門が共同で、科学的かつ標準化された方法で農地防風林の建設を促進するための文書を発行しました。
農地防風林が完成し、受け入れられた後、土地の種類の変更は、土地の変更調査の要件に厳密に従って、タイムリーに実行されるものとします。 2.林業および草地の生態学的保護と回復、包括的な土地改良、高水準の農地建設などのプロジェクトと組み合わせて農地防風林の建設を実施するためにすべての地域を支援し、現代の農業開発。自然の法則を尊重し、科学的かつ秩序ある方法で農地防風林の収穫と更新を実施するためにすべての地域を支援し、林業と草地当局は技術指導とサービスを強化する必要があります。 5.郡レベルの人民政府は、農地防風林の建設に責任を負う主体であり、郡内の農地防風林の建設を調整および促進する責任を負っている。